Didžioji sinagoga buvo ne vien maldos namai. Joje vykdavo bendruomenės susirinkimai, vyresnybės (kahalo) rinkimai, teismai ir kt. Tai buvo žydų dvasinio, kultūrinio ir visuomeninio gyvenimo centras. Su sinagoga glaudžiai susiję ir Vilniaus Gaono gyvenimas ir veikla.